Michael Scofield musi przewidzieć kazdy kolejny krok, jesli jego swietna strategia ma się powieść. Jego starszy brat, Lincoln Burrows został wrobiony w morderstwo, którego nie popełnił i skazany na śmierc. Mimo jednoznacznych dowodów, wskazujacych na jego wine, Michael postanawia ratowac go za wszelka cene.

W czasie gdy on przygotowuje ich uwolnienie z Fort River więzienia, z którego jeszcze nikt nie uciekł, młoda prawniczka i zarazem była przyjaciółka Lincolna, Veronica Donovan stara się wyjaśnił wątpliwości związane z jego sprawą, ale napotyka na mur niechęci i nieustanne przeszkody ze strony agentów rzadowych. Michael zna najsłabszy punkt tego więzienia. Straznikom podrzuca błędne tropy (kim jest Allen Schweitzer?) Potrafi też umiejętnie manipulować zarządcą tego zakładu karnego, Henrym Popem (Stacy Keach). Ale w kazdej chwili grozi mu śmiertelne niebezpieczeństwo.

Za murami cisza przed burzą. Biali i czarni więźniowie tworzą dwa skrajnie nienawidzące się obozy wystarczy iskra, by rozpoczęła się rzeź. Do realizacji swojego planu Michael musi jednak angażował współwięźniów z obu frakcji, przez co jeszcze dodatkowo się narała. Najtrudniejsze okazuje się jednak skłonienie do współpracy szczególnego współwięźnia, Abruzzi’ego. Michael dysponuje informacją, bezcenną dla mafii, ale negocjacje z Abruzzi’m mogł go kosztować życie.