Gdy Kellerman już zamierzał ją zabić, Sarze udało się uwolnić od swojego dręczyciela. Uciekła, ale jest ranna i bliska załamania… Spotkanie z ojcem przywołuje u Michaela potworne wspomnienie z dzieciństwa, gdy jako dziesięciolatek był świadkiem pewnego zabójstwa. Wtedy też po raz pierwszy Aldo Burrows spotkał swojego syna. Gdy przed laty porzucił rodzinę, nie zdawał sobie sprawy, jak bardzo krzywdzi bliskich. Czy jego synowie wybaczą mu, że odszedł od nich, bo nie chciał ich narażać? Niestety śmiertelne niebezpieczeństwo znów im grozi, bo na pustyni w Nowym Meksyku zjawia się Mahone. Odnajduje po śladach Michaela, Lincolna, ich ojca i Sucre. Strzela do nich z ukrycia i śmiertelnie rani Aldo… C-Note ukrywa się z rodziną przed FBI. Córeczka zaczyna poważnie chorować, niezbędne są lekarstwa. Wyprawa do apteki kończy się dla jego żony fatalnie - kobieta zostaje aresztowana… Michael i Lincoln pożegnali na zawsze ojca. Nadlatuje samolot, którym bracia mają szansę opuścić Stany i zniknąć bez śladu. Ale nadszedł dzień, gdy obaj mają dość uciekania i przechodzą do kontrataku. Michael ma nowy plan… Kellerman uważał się za żołnierza doskonałego, a teraz jego też chcą się pozbyć…

Policja w Tribune wchodzi pod wskazany adres, ale nie zastaje już intruza w domu. Pozostawiony w potrzasku przez Bellicka, T-Bag zdołał się jednak uwolnić… Aldo Burrows wtajemnicza syna w działalność konspiracyjną garstki ludzi, którzy odważyli się przeciwstawić Firmie - zbrodniczej organizacji, która opanowała najwyższe kręgi władzy w państwie. Ktoś jeszcze, niezależnie od nich odkrył prawdę: Gubernator Tancredi i zapłacił za to życiem. Teraz najważniejsze wydaje się odszukanie Sary. Czy ona zdaje sobie sprawę, co zostało jej powierzone? Tymczasem do kryjówki spiskowców wchodzi zdrajca, nasłany przez Kima i nie tylko Lincolnowi grozi śmiertelne niebezpieczeństwo… Kellerman dopadł Sarę, gdy na chwilę opuściła Michaela. Więzi ją w motelu i torturuje. Żąda informacji o czymś, co jej ojciec zabrał z Waszyngtonu. Grozi jej śmiercią… Zgodnie ze swoim planem Michael zmierza do pewnego punktu na pustyni w Nowym Meksyku, gdzie umówił się na spotkanie z meksykańskim gangsterem, który obiecał mu przerzut samolotem przez granicę w zamian za nitroglicerynę. Dobicie interesu komplikuje fakt, że ją stracił… Mahone odkrywa, co oznacza niezidentyfikowany dotąd, dziwny napis z tatuażu Scofielda: “Bolshoi Booze”…

Kapitan Bellick torturuje T-Baga, by zmusić go do wyjawienia, gdzie ukrył skradzione 5 milionów dolarów… Do kwatery FBI w Chicago dociera potwierdzenie, że policja w Arizonie zatrzymała Lincolna i LJ, tymczasem Mahone gdzieś zniknął… W drodze za radiowozem, przewożącym aresztantów, pojawia się tajemnicza czarna furgonetka i taranuje policyjny wóz… Niezależnie od siebie, Sara i Kellerman odkryli, co oznacza kod liczbowy na origami, przysyłanym przez Scofielda i gdzie wyznaczył on “rendezvous”. Sara dociera na miejsce i Michael prosi ją o wybaczenie, że zrujnował jej życie. To dla nich obojga wzruszający moment i mają dla siebie zdecydowanie za mało czasu. Mahone brutalnie przerywa im spotkanie… LJ poznaje swojego dziadka, Aldo Burrowsa. Lincoln nie jest pewien, czy mogą się czuć bezpieczni w kryjówce, przygotowanej przez ojca. Czy kiedykolwiek znajdą się dowody, dzięki którym już nigdy nie będzie musiał uciekać?

Michael odwiedza pewien ogród botaniczny, by zabrać pozostawioną tam paczkę z ampułkami nitrogliceryny, ale agenci FBI znów go uprzedzili i już na niego czekają. Wkrótce dociera do niego jeszcze jedna fatalna wiadomość: Tweener nie żyje. Mahone przechwala się w telewizji, że złapie i zabije wszystkich zbiegów z Fox River, i popełnia poważny błąd. Odsłonił się, co Michael wkrótce skrupulatnie wykorzysta. Dzięki podsłuchowi federalni dowiadują się, że C-Note umówił się ze swoją żoną i córeczką na spotkanie w “tęczowym pokoju”. Szantażując Kacee odebraniem dziecka, zmuszają ją do współpracy i zastawiają pułapkę na jej męża… Lincoln i LJ uciekają razem, chociaż obaj zdają sobie sprawę, że chłopak niepotrzebnie się naraża, bo zarzuty wobec niego zostały wycofane. Przed nimi jeszcze 400 mil do miejsca, gdzie będzie na nich czekał Michael, a muszą porzucić samochód… Tymczasem Scofield składa wizytę byłej żonie agenta Mahone i w poufnej rozmowie z Pam odkrywa mroczny sekret swojego prześladowcy… T-Bag dociera do Tribune, ale w mieszkaniu swojej byłej przyjaciółki spotyka go przykra niespodzianka… Lincoln i LJ zostają rozpoznani…

Firma wydała też wyrok śmierci na Sarę. Po drugim zamachu na swoje życie, dziewczyna uświadamia sobie, że nikomu nie powinna ufać. Może jedynie Michaelowi? Pięć milionów dolarów odkopano i Michael był przekonany, że sprawiedliwie podzielił łup. Ale gdy już razem z Sucre oddalili się na bezpieczną odległość od domu Jeanette, okazuje się, że ktoś ich przechytrzył. A na domiar złego, policja zacieśnia obławę i jest już pół mili od zbiegów. Podczas przejścia przez rzekę, Sucre zostaje przygnieciony przez pień drzewa i Michael powinien go zostawić na pewną śmierć, by ratować siebie… Inny agent FBI domyśla się, co naprawdę stało się z więźniem ostatnio eskortowanym przez Mahone, ale ten okazuje się nietykalny… Lincoln odbija syna z rąk ludzi, pracujących dla Firmy, wykorzystując ich własne metody działania i obaj uciekają… Sara i Kellerman ścigają się, starając się jak najszybciej rozszyfrować wiadomość od Michaela, przesłaną w formie kodu na origami…

Uciekinierzy są coraz bliżej skarbu, gdy pojawiają się kolejne komplikacje. W domu Jeanette zjawia się policjantka i zauważa niepokojące sygnały. Przemoc okazuje się nieunikniona i obie kobiety zostają uwięzione. Wszyscy przeszarżowali, natomiast T-Bag zachowuje się dziwnie spokojnie. Ale Michael zleca Sucre, by pilnował zakładniczek. Tylko jemu może ufać, gdy Lincoln decyduje się ich opuścić, by odnaleźć syna, który w tajemniczych okolicznościach został zwolniony z więzienia w Arizonie. Ich drogi rozchodzą się… Sara dowiaduje się od ojca, że wycofano jego nominację na urząd Wiceprezydenta. Ale gdy wkrótce potem znajduje go martwego, nie wierzy, by popełnił samobójstwo… Mahone wie, że Tweener może go doprowadzić do Michaela i nakłania go do współpracy…

Dzięki fotograficznej pamięci T-Baga, Michael, Lincoln oraz Tweener dotarli do Double K, ale na miejscu dawnej farmy zbudowano …nowoczesne osiedle mieszkaniowe. Gdzie jest silos, pod którym Cooper ukrył zrabowane pieniądze? Ale po chwili zwątpienia Michael odkrywa ten właściwy punkt. O wiele trudniejsze wydaje się namówienie obecnej właścicielki domu na tym terenie, by wpuściła na swoją posesję kilku nieznajomych m ężczyzn i pozwoliła im rozkopać podłogę w swoim garażu… Zaskakującym zbiegiem okoliczności dołączają do nich wkrótce: C-Note i Sucre. Drużyna powinna się śpieszyć, bo agent Mahone przyleciał już do Utah i może liczyć na wsparcie miejscowego biura FBI. Gubernator Tancredi przypadkowo odkrywa prawdziwą ttożsamość nowego znajomego swojej córki. Ale czy zdąży uprzedzić Sarę, by unikała agenta Kellermana? Mahone zawęża obszar poszukiwań i dopada Tweenera… Przed domem Jeanette zjawia się policja…

Bracia potrzebują pieniędzy, by uciec do Panamy, ostatecznie decydują się więc poszukać 5 milionów, ukrytych w Utah. W drodze Lincoln i Michael dowiadują się o śmierci Abruzzi’ego. Także C-Note jedzie pociągiem w tym kierunku i popada w tarapaty… W motelu, w Colorado - 10 mil od granicy z Utah - Tweener i Debra Jean spędzili razem noc i snują romantyczne plany, gdy zjawia się policja poszukująca zbiegów… Analizując sygnały napływające z różnych części Stanów, agent Mahone zauważa dziwną zbieżność - uciekinierzy zmierzają do jednego punktu. Dysponuje też danymi, które federalni odzyskali z komputera Michaela. Ile czasu zabierze mu połączenie tych faktów z osobą DB Coopera i jego skarbem? Sara otrzymuje kolejne origami, a na nim zaszyfrowaną wiadomość od Michaela. Niestety Kellermanowi udało się zdobyć jej zaufanie… Sucre dojeżdża do Las Vegas… Po dotarciu na miejsce, Michael i Lincoln odkrywają, że nie są sami. W Tooele jest już też T-Bag. Ale, co jeszcze gorsze, nikt nie słyszał o ranczu Double K, na którym zostały zakopane pieniądze z napadu. Odwiedzają biuro miejscowego inspektora podatkowego, ale ktoś ich uprzedził i skradł poszukiwaną przez nich mapę nr 1213. Jeszcze jedna przeszkoda w dotarciu do celu?

Pościg za “Ósemką z Fox River” trwa, tymczasem drogi uciekinierów rozchodzą się. Jedyne, co ich jeszcze łączy, to 5 milionów dolarów, ukryte gdzieś na farmie w Utah. Lincoln przeżył szok, słysząc, że Veronica odkryła prawdę o Steadmanie i zapłaciła za to najwyższą cenę. Teraz obawia się o życie swojego syna, ‘LJ’, który czeka na rozprawę za morderstwa, których nie popełnił i może na wiele lat trafić za kratki. Także Naczelnik Pope uświadamia sobie z goryczą, że pozwolił się manipulować Michaelowi i był jedynie pionkiem w jego rozgrywce. Gubernator Tancredi prawdopodobnie będzie musiał pożegnać się z nominacją na urząd Wiceprezydenta z powodu podejrzenia, że jego córka, Sara współpracowała z więźniami… Za przegranego uważa się też Bellick - dla niego polowanie na zbiegów to prywatna vendetta. Nie minęły jeszcze 24 godziny od ucieczki z więzienia, a T-Bag popełnił już pierwszą zbrodnię… Michael stracił nowe dokumenty i pieniądze - urzeczywistnienie marzenia o wolności okazuje się o wiele trudniejsze, niż przewidywał. Kierujący grupą pościgową, agent FBI Mahone idzie po jego tropach, które zostawił Michael i odkrywa kolejne etapy jego planu ucieczki, skutecznie utrudniając jego realizację. Zjawia się w areszcie u ‘LJ’ i proponuje mu układ…

Po tym jak z Lincolnem stracili wszystko, czego potrzebowali, by zapewnić sobie nową tożsamość i zniknąć, Michael Scofield korzysta z planu awaryjnego i ścigający ich agent Mahone zastaje na dnie koryta rzeki spaloną furgonetkę, a w środki ich zwłoki… Dwanaście godzin wcześniej. Bellick stracił posadę w Fox River, ale znalazł nowy cel w życiu: 5 milionów dolarów, ukryte gdzieś na farmie w Utah, ale brakuje mu istotnych wskazówek… Każdy ze zbiegów domyśla się, że nie powinien kontaktować się z najbliższymi. Sucre pędzi jednak do Nowego Jorku, by powstrzymać swoją ukochaną przed ślubem z innym… C-Note również nie może się bezpośrednio spotkać z rodziną… Sara opuszcza szpital, ale policja już na nią czeka. Ma też swojego Anioła Stróża, Mahone słusznie bowiem podejrzewa, że to ona jest kluczem do schwytania Michaela. Obaj są piekielnie inteligentni i zdeterminowani w dążeniu do celu, ale między Scofieldem, a Mahone jest jedna istotna różnica. Mahone kryje mroczną tajemnicę i polując na swoje ofiary jest skłonny przekroczyć każdą granicę. Scofield uświadamia sobie, że to tylko kwestia czasu, gdy ich prześladowca odkryje, co nadal łączy ośmiu uciekinierów z Fox River. Osobista konfrontacja wydaje się nieunikniona. Jak zbić myśliwego z tropu? Trzeba pozbyć się zdobyczy…